新冠肺炎疫情爆发以来，北京出入境边防检查总站按照国家移民管理局的部署要求，严格落实首都严格进京管理联防联控协调机制的各项工作措施，以强烈的政治责任感和使命感，始终把防范境外疫情输入作为当前头等大事和最重要的工作来抓，全力以赴、全警全力做好疫情防控工作。4月18日，中央政治局委员、北京市委书记蔡奇在总站上报的《北京边检总站关于防范境外疫情输入阶段性工作情况的报告》上批示：北京边检总站认真履职，严格边检，管住出入境两头，为防范境外疫情输入，确保首都安全做了大量艰苦而有效的工作，成绩值得充分肯定。并向国家移民局的大力支持表示感谢！

北京边检总站在首都严格进京管理联防联控协调机制和国家移民管理局的坚强领导下，主动作为，勇于担当，以超常规的力度和举措，充分发挥职能作用，全力做好防范境外疫情输入工作。一是充分发挥联防联控机制作用，打赢疫情防控“总体战”，牢固树立大局意识，主动会同协调机制各成员单位共同落实疫情防控决策部署，织密口岸疫情防控过滤网。二是充分发挥边检大数据优势，打赢疫情防控“信息战”，为首都协调机制疫情防控工作决策，为北京海关、北京市卫健部门、北京市公安机关落实医学排查和落地管控提供大量数据支持。三是充分发挥边检专业优势，打赢疫情防控“阵地战”，通过落实防控政策、强化出入境查验、主动配合第一入境点边检机关口岸防控、加强口岸管控等措施，强化口岸一线阵地控制。截至4月19日，总站共向海关推送数据13.9万条，向卫健部门推送数据2.9万条，向公安机关推送数据13.8万条，发现违反北京市隔离规定488人次。北京卫健部门从边检预警推送的3943人次涉疫重点人中发现确诊病例83人次，占北京市境外输入确诊病例总数的48%，总站协助其他口岸发现确诊病例34人次。每日实时向首都协调机制报送大量数据，并形成《北京口岸防境外疫情输入风险形势严峻》等21份疫情分析报告。蔡奇书记先后9次在总站上报信息上作出重要批示，许甘露副部长先后4次给予批示肯定。